系统方面，三星B9062采用稳定的Android 2.3(Gingerbread)操作系统，并采用了自家知名的Touchwiz界面，版本为TouchWiz 4.0。该界面相比于原生Android界面来说更为美观，集成了Facebook、Gmail、Plurk以及Twitter等多种账户，长按空白处便会弹出选项栏，方便用户自行设置桌面插件、壁纸等。
三星B9062的系统运行较为顺畅，没有出现明显的滞后性，并且有丰富的软件以及游戏资源可供用户下载。最高支持七个主屏，用户可以根据个人喜好调整主屏顺序或添加常用程序的快捷方式。屏幕下方为常用工具栏的四个按钮：拨号、联系人、短信和应用程序，操作起来非常便捷。
在使用时，滑动屏幕可选择WLAN、蓝牙、数据连接、静音模式、自动旋转等。另外，在任务管理器中，用户可以查看活动应用程序、已下载程序、RAM、以及存储容量。如果不需要某项程序，可以直接卸载，此外，及时关闭正在运行的程序可以加速手机运行，并延长电池的使用寿命。
