在系统软件上，Android与IOS两大阵营都有着不少特点，三星对Android系统的二次开发已经自成一派，Note3搭载的系统基于Android 4.3而来，同时升级的S Pen也有着相配套的升级应用。S Pen作为Note系列的核心卖点，以更为方便快捷的输入方式，改变了大屏手机的传统操作模式，给用户以全新的体验。
S Pen是Note系列最大卖点
Note3中的S Pen功能在Note II的基础上进行了重新整合，加入新的功能特性，一键呼出的指令让其使用更加便捷，整合通讯录、短信、邮件等功能的S Pen不但解决了单手操作大屏手机的难题，同时提高了用户的使用效率。
S Pen应用
很容易看到在很多Android手机中，三星率先开发出的例如智能暂停、手势感应、浮窗预览、智能屏幕、动作操作等人性化操作方式已经被模仿。
又比如在大屏手机的单手操作上，一些特殊的功能也已经被山寨，包括单手拨号、解锁、发短信等等，一方面着实为大屏手机单手操作实现了可能，另一方面也说明了三星的创新性。
创新功能
IOS 7的发布，将界面扁平化到底，彻底改变了界面样式、图标，当然了每个人对于审美的标准不同，所以IOS 7发布、开放升级后，人们对它也是褒贬不一。不过凭借着苹果对系统的良好优化，即使在硬件上处于劣式，也还是弥补了不少。
控制中心
IOS 7加入了像控制中心、相机滤镜、新的照片库分类等这样的功能（另还有多项用户体验上的改进）。IOS的用户体验好，但我们更希望看到的是在系统升级时一些创新功能的加入。
还有一点不得不提的是，像iPhone 4、iPhone 4S在运行IOS 7时会出现卡顿的现象，这也正是苹果一贯的做法，苹果希望借助系统的升级来淘汰用户手中的旧款iPhone，以促进新iPhone的销量。
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